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En 1951 la Contraloría General de la Nación intentó realizar el Primer Censo Nacional Agropecuario (CNA) en Colombia que no se pudo llevar a cabo por la situación de orden público que vivía el país.
Posteriormente, el DANE en 1960, realizó el Primer Censo Nacional Agropecuario que cubrió 16 departamentos y 824 municipios y se adelantó mediante entrevista directa al productor. Este Censo dio a conocer la estructura del sector agropecuario y sirvió como marco de muestreo para el programa de estadísticas continuas de 1964 a 1969.
En 1970 y 1971 la misma entidad, ejecutó el Segundo Censo Nacional Agropecuario convocando a los productores agropecuarios a las escuelas rurales. En 1970, se realizó el Primer Censo Nacional Cafetero el cual registró como unidad de observación la finca e incluyó al total de los municipios cafeteros del país.
En 1971 el Ministerio de Agricultura y Ganadería, organizó una empresa de estadística la cual desde 1972 empezó a publicar estimaciones anuales de indicadores agropecuarios. El método de recolección de datos era subjetivo, sin embargo, se constituyó en la única fuente continúa de información para el sector.
En 1978 se creó el Comité Nacional de Estadística Agropecuaria (CONESA), que mediante su comité técnico consultivo, realizó un diagnóstico del sistema de información estadística del sector agropecuario, encontrando entre sus conclusiones y recomendaciones, la necesidad de llevar a cabo el Tercer Censo Nacional Agropecuario en la década de los 80.
En 1982, el Consejo Nacional de Política Económica y Social, aprobó la realización del Tercer Censo Nacional Agropecuario a realizarse en 1986. En esta ocasión, no fue posible realizar el Censo por la carencia de recursos y la entidad que debía ejecutarlo (DANE), tenía prevista la realización del Censo Nacional de Población y Vivienda.
A partir de 1983 el Ministerio de Agricultura con la asesoría de la FAO, buscaron otras alternativas que suplieran las necesidades de información del Censo Nacional Agropecuario y adelantaron trabajos para establecer el Sistema de Estadísticas Agropecuarias por Muestreo (SEAM) utilizando la metodología del muestreo agrícolas de áreas. Entre los años 1983 y 1986 efectuaron cinco pruebas piloto con esta metodología en los departamentos de Caldas (noviembre 1983), Tolima (febrero - marzo 1984), Magdalena (septiembre 1984), cuatro municipios del Cauca (noviembre 1985), Valle del cauca (febrero - abril 1986). En 1985 el Ministerio de agricultura y Desarrollo Rural dirigió e impulso el SEAM al resto del país.
El desarrollo de estas pruebas piloto llevó a la realización de la Primera Encuesta Nacional Agropecuaria (PENAGRO) en los meses de abril, mayo y junio de 1988, la cual cubrió 23 departamentos y permitió la recolección de la información sobre la estructura del sector agropecuario y algunas variables socioeconómicas.
Entre 1993 y 1997 la Federación Nacional de Cafeteros, realizó la Encuesta Nacional Cafetera que cubrió 564 municipios en 16 departamentos y dio a conocer las principales características de la estructura cafetera del país. Esta encuesta, incluye información sobre las condiciones y los indicadores de bienestar y de calidad de vida de la población cafetera, todo esto consolidado en el Sistema de Información Cafetera (SICA).
En 1993 el Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural (MADR) y el DANE suscribieron un convenio de coordinación y cooperación técnica para el establecimiento del Sistema de Información del Sector Agropecuario Colombiano (SISAC).
Entre 1995 y 2005, el MADR y el DANE realizaron diez Encuestas Nacionales Agropecuarias además de otros estudios como: el Censo Nacional del Cultivo de Papa con la Federación Colombiana de Productores de Papa (FEDEPAPA); el Censo Nacional de la Avicultura Industrial con la Federación Nacional de Avicultores (FENAVI); el Censo Nacional de la Porcicultura Tecnificada con la Asociación Colombiana de Porcicultores (ASOPORCICULTORES); el Censo Nacional del Cultivo de Arroz con la Federación Nacional de Arroceros (FEDEARROZ); el Censo Nacional de Hortalizas y Frutales con la Asociación Hortofrutícola de Colombia (ASOHOFRUCOL); el Censo Departamental de la Ganadería en el Huila; el Censo Nacional de Plantaciones Forestales adelantado por la Asociación Colombiana de Reforestadores (ACOFORE) y el Censo Departamental de Plantaciones Forestales con las Corporaciones Autónomas Regionales de los departamentos de Antioquia, Córdoba y Magdalena, entre otras investigaciones.
Entre 2006 y 2009, la Encuesta Nacional Agropecuaria fue realizada por el MADR en convenio con la Corporación Colombia Internacional (CCI).
Entre 2008 y 2010 el DANE realizó la Encuesta Nacional de Desempeño Agropecuario (2008), el Censo de Fincas Productoras de Flores bajo invernadero y a cielo abierto en la Sabana de Bogotá y Cundinamarca (2009), el Censo de Unidades de Plantaciones de Caucho en once municipios de Antioquia y dos municipios de Córdoba (2009), la Encuesta sobre el volumen de leche captada por la microempresa para la elaboración de alimentos (2009), el Censo de unidades productoras de plantaciones de caucho en el departamento del Tolima y Caquetá (2010), el Censo de Fincas Productoras de Flores bajo invernadero y a cielo abierto en algunos municipios de Antioquia y Boyacá (2010).
En 2010 se suscribió un convenio entre el MADR, la CCI y el DANE con el fin de desarrollar de manera conjunta la ENA 2010 y a partir de 2011 esta encuesta es realizada por el DANE.
Durante 2013 y 2014 se realizó el tercer Censo Nacional Agropecuario, el cual, además de proveer información estructural del sector agropecuario y la población rural del país, cumplió con otro objetivo fundamental al suministrar un conjunto de datos para el diseño del Marco Maestro Rural y Agropecuario.
El Marco Maestro Rural y Agropecuario fue elaborado por el DANE entre 2015 y 2017, siguiendo entre otros, los lineamientos de la FAO bajo el esquema de marcos duales que consta de dos componentes: el marco de áreas y el marco de lista.
En 2016 se realizaron, entre otras, las siguientes mejoras a la metodología de la ENA:
- Aumento de la cobertura. La cobertura pasó de 22 a 26 departamentos incluyendo los departamentos de Arauca, Caquetá, Putumayo y Vichada. La selección de la muestra de estos cuatro departamentos se realizó con la metodología de marco dual.
- Recolección de información de grandes productores agropecuarios a partir de marcos de lista.
En 2017 se amplió la cobertura a los 32 departamentos del país, incluyendo Chocó, Archipiélago de San Andrés y Providencia, Amazonas, Guainía, Guaviare y Vaupés y generando información de la ENA asociada con los grupos étnicos que se encuentran en estos departamentos.
